>Dejo un pequeño script bash para reemplazar la codificación de caracteres de múltiples archivos si contamos con una distribución Linux como herramienta.

[pablo@laptop]# mcedit ./iso2Utf.sh

#! /bin/bash
for archivos in “$@”
do
recode iso8859-15…UTF-8 ./$archivos
done

[pablo@laptop]# chmod +x ./iso2Utf.sh
[pablo@laptop]# ./iso2Utf.sh ./*.txt

$@ es el parámetro ingresado por teclado
recode es la aplicación para “recodificar” cada archivo

También se puede usar iconv pero éste trabaja sobre una copia por lo que habría que generar un temporal y luego copiarlo pisando el original.