gs permite unir varios documentos pdf en uno solo y a su vez definir algunos parametros en el archivo de salida como ser el formato de papel a utilizar.

Primero instalar el gs (fácil desde Ubuntu)

apt-get install gs

y después ejecutar desde una consola

gs -q -sPAPERSIZE=letter -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=salida.pdf archivo1.pdf archivo2.pdf archivo3.pdf